名作アニメ「宇宙戦艦ヤマト」をリメイクした「宇宙戦艦ヤマト2199」「宇宙戦艦ヤマト2202 愛の戦士たち」シリーズの続編で、1979年放送のテレビスペシャル「宇宙戦艦ヤマト　新たなる旅立ち」をモチーフに描いた全2章の後章。西暦2205年。ガミラス星の人々は寿命を迎えつつある母星を離れ、ガルマン星への移住を開始した。しかしその移送が半分も終わらぬうちに、ガミラス星は謎の敵の攻撃を受けて破壊されてしまう。敵の正体は暗黒の大艦隊を率いるデザリアムで、衝撃で軌道を逸れた双子星イスカンダルを牽引し、持ち去ろうと画策。デスラーは生き残った10万人のガミラス人とイスカンダルに残るスターシャ女王を救出するべく、仇敵・宇宙戦艦ヤマトとともにデザリアムに戦いを挑むが……。